POSTER #515：结直肠癌患者血浆微卫星不稳定性的检测

Microsatellite instability detection from plasma of colorectal cancer patients

合作单位：上海瑞金医院，苏州大学附属第一医院

上海瑞金医院胃肠外科孙晶教授

研究背景：微卫星是基因上含有的重复DNA短小序列或单核苷酸区域。在肿瘤细胞中，当DNA甲基化或基因突变致错配修复（MMR）基因缺陷时,可导致微卫星不稳定 (microsatellite instability，MSI)。MSI对于结直肠癌（CRC）患者的治疗和预后具有重要的指导意义。然而，目前的MSI检测几乎都局限于组织，对于无法取到组织的部分晚期CRC患者，开发基于血浆的MSI检测方法极具价值，已成为该领域的研发突破重点。此外，肿瘤血检还具有组织不具备的无创性、实时性、非组织特异性等优势。燃石医学自独立研发了基于NGS的组织MSI检测技术之后，再次攻克难题，开发了同样基于NGS的血浆MSI检测技术——bMSISEA，研究结果在此次会议上首次展现。

研究内容：首先，通过对由PCR方法确定的MSI-H及MSS表型CRC患者的肿瘤-癌旁配对组织和WBC样本的检测分析，构建了bMSISEA算法的基线，并从燃石凯康ColonCore panel覆盖的MSI位点中通过算法分析挑选了具显著差异的特征位点，所选位点保证了在极低的ctDNA含量下，覆盖在MSI-H长度特征的测序片段几乎完全来自癌症DNA。然后，在另一组独立的87例CRC样本（包括43例MSI-H和44例MSS）中，证实基于血浆样本的MSI-H检测特异性高达100%。当筛选其中满足maxAF>0.2%（ctDNA>0.4%)的血浆样本时，检测灵敏度为94.1%，准确性为97.7%。当仅选取maxAF>0.5%（ctDNA>1%)的样本时，检测准确性为100%。最后，通过350例模拟样本评估基于不同ctDNA含量的血浆样本的检测灵敏度。模拟结果呈现出与真实临床样本相似的灵敏度和准确性。研究结果显示，在保证检测特异性的基础上，当血浆中ctDNA占比足够（maxAF>0.2%）时，bMSISEA具有足够高的检测灵敏度。

研究亮点：燃石医学在此次ASCO-GI会议上公布了自主研发的基于NGS的血浆MSI检测技术——bMSISEA方法，对于maxAF>0.2% (ctDNA>0.4%)的血浆样本，相比配对组织检测可达到100%的特异性及极高的灵敏度，为实现基于血浆样本的一站式突变+MSI无创检测提供了重要的方法学支撑。目前，燃石凯康ColonCore panel血液版bMSI检测已全面推出，将为更多的患者带来福音。