2019 年5月31日 - 6月4日，学术界盛事美国临床肿瘤学会年会（ASCO）在芝加哥盛大召开，本届年会，燃石共计有7个Poster和6个e-Poster被接收，学术成果与国际最前沿的临床肿瘤学科研成果和肿瘤治疗技术“共聚一堂”。
1. POSTER (abstract #2589)
5660例中国人群泛癌种TMB研究
Tumor mutation burden analysis in a 5660-cancer-patient cohort reveals cancer type-specific mechanisms for high mutation burden
合作单位
上海市长征医院
研究内容
使用燃石OncoscreenTM panel进行基于捕获的NGS靶向测序，在覆盖11个癌症类型的5660例中国患者中，回溯性探索肿瘤突变负荷（TMB）的分布情况以及与高TMB 相关的分子特征。
研究结果
- 本研究揭示了在肺腺癌、肺鳞癌、结直肠癌、乳腺癌、卵巢癌、肾癌、胰腺癌、肝胆肿瘤、肉瘤等11个癌症类型中，肺鳞癌患者的TMB最高，而肉瘤中的TMB最低；
- 高度微卫星不稳定性、DNA 修复通路缺陷和同源重组修复通路的缺陷与高TMB相关；
- 与此同时，我们探索了用26条信号通路中的基因变异独立预测TMB 的能力：在4组癌症类型中，我们发现了FOXO 通路和低TMB 相关，然而没有任何一个信号通路在2个以上癌种中与高TMB 相关。
- 我们建立了2个独立的模型去预测肺腺癌（基于14个基因）和肺鳞癌（基于22个基因）的TMB。
综上所述，本研究揭示了与高TMB 相关的生物学机制在不同癌种中差别很大，同一信号通路在不同的癌种中可能对TMB 有完全不同的影响。
研究亮点
这个多中心研究是目前最大的在泛癌种中国人群中探索TMB 的队列，揭示了TMB 在11个癌症类型中的分布特征。本研究还探索了TMB 产生的生物学机制， 提示高TMB在不同癌种中有其特异的产生机制， 而在多个癌种中FOXO 通路与低TMB 相关。
2. POSTER (abstract #3036)
奥希替尼治疗晚期NSCLC过程中的ctDNA动态监控及其与临床治疗结果的相关性
Longitudinal ctDNA analysis couples with NGS as a reliable approach to reflect dynamic molecular change which correlates with clinical outcomes
合作单位
杭州市第一医院， 东部战区总医院等
研究内容
本研究为药物临床研究 (NCT02474355)标志物探索的一部分，针对EGFR T790M 阳性接受奥希替尼的非小细胞肺癌患者使用燃石朗清® panel检测治疗前、治疗过程中、耐药后的血液标本，前瞻性探索了ctDNA 动态监控在EGFR T790M 阳性接受奥希替尼的非小细胞肺癌患者全程管理中的价值。
研究结果
本研究共入组72例经一代或者二代EGFR-TKI治疗耐药后T790M 阳性的晚期非小细胞肺癌患者，其中57例患者具有多于一个血液样本。通过分析治疗前和治疗过程中ctDNA的动态变化，发现：
- 基线有检出细胞周期通路或者P53 通路基因突变的患者OS较短；
- 在第一次随访的时候，ctDNA转阴的患者具有显著更长PFS 和OS；
- 中位随访时间168天，32位患者在随访期间发生影像学进展(PD)，其中11位患者在影像学进展前出现分子进展，分子进展平均提前影像学进展74天。 同时，这些患者在影像学进展时有更高的概率检测到拷贝数扩增和TP53 突变，且在影像学进展时伴有拷贝数扩增的患者PFS 和OS 都更短。
研究亮点
本研究作为药物临床研究的一部分， 在T790M 阳性接受奥希替尼治疗的中国非小细胞肺癌患者中探索了ctDNA全程管理的价值：揭示了在第一次影像学随访时ctDNA清零对于PFS和OS 的预测价值；另外也发现在部分患者中我们可以通过ctDNA 监控提前预警病情进展；最后，本研究还揭示了奥希替尼用药前的突变谱特征和预后的关系。
3. POSTER（Abstract #543）
HR阳性和HR阴性早期HER2阳性乳腺癌患者基因突变谱差异
Distinct mutation landscape between HR+ and HR- HER2+ breast cancer patients
合作单位
广东省人民医院
研究内容
该分析纳入107例I-III HER2阳性中国乳腺癌患者，包括64例激素受体（hormone receptor, HR）阳性的患者和43例HR阴性的患者，92.5%的患者病理诊断是浸润性导管癌（99/107）。收集患者肿瘤组织和血液样本，利用燃石520基因Panel进行基于捕获的靶向测序（Oncoscreen PlusTM , 1.64Mb）。
研究结果
- 在107例患者中，检测到来自267个基因的1,119个基因变异，包括478个单核苷酸变异（Single nucleotide variations, SNVs）、14个插入或缺失变异（Indels）、29个融合（fusion）、593个基因拷贝数（CN）扩增、2个大片段重排以及3个基因拷贝数缺失。其中99个基因在HR阳性和HR阴性的人群中均发生变异， 仅HR阳性患者发生变异的基因123个，仅HR阴性患者发生变异的基因45个；
- HR阳性HER2阳性乳腺癌患者发生基因拷贝数扩增、剪切位点突变和移码突变显著更多（p=0.017），特别是SPOP、CCND1、FGF19、FGF3、FGF4、RNF43、RAD51C、ADGRA4和MDM4基因的拷贝数扩增，以及GATG3基因突变（p=0.017）；
- 在HER2阳性患者中，除外HER2扩增，部分患者还同时发生HER2其他类型的变异或HER家族其他基因的变异；
- 基于HR的不同状态，常见的伴发变异也不尽相同，比如ERBB2基因融合、ERBB3和ERBB4的SNVs更多发生在三阳性乳腺癌患者中，而EGFR基因扩增绝大部分发生在HR阴性HER2阳性的人群；
- 基于KEGG基因信号通路的分析，与HR阴性HER2阳性患者比较，三阳的患者更多发生TGF-beta (p=0.007)、WNT (p=0.002) 和同源重组修复通路（homologous recombination, HR）基因的变异(p=0.004)；
- 同时，通过520基因Panel的平行检测预测肿瘤突变负荷（Tumor mutation burden, TMB），我们还发现，HR阳性和HR阴性HER2阳性早期乳腺癌患者的TMB并无差异（p=0.24），两组人群的中位TMB均为4.0个突变/Mb。
研究亮点
研究展示了中国HER2阳性早期乳腺癌患者基因变异谱，并对激素受体阳性和阴性的人群进行了基因变异谱和肿瘤突变负荷的对比。除外激素受体的状态，两组间不同的基因变异特征可能为患者的精准治疗提供分子依据。
4. POSTER（Abstract #579）
HER2阳性乳腺癌患者基因突变谱与新辅助治疗疗效的相关性
Correlation between mutation landscape and clinical outcomes of neoadjuvant therapy in HER2-positive breast cancer patients
合作单位
广东省人民医院
研究内容
本研究回顾性分析了33例Ⅰ-Ⅲ 期HER2阳性中国乳腺癌患者，平均年龄53岁，收集患者新辅助治疗前基线肿瘤组织样本和配对血液样本，利用燃石520基因Panel进行基于捕获的靶向测序（Oncoscreen PlusTM ，1.64Mb），多因素分析基因突变谱与新辅治疗后临床病理缓解之间的相关性。
研究结果
33例患者中，Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ期分别占3%、67%、30%，激素受体（Hormone receptor, HR）阳性患者58% (19/33)，其余42% (14/33) HR阴性，研究发现：
- 基线组织样本检测发现145个基因的349个变异，其中TP53、CDK12和PIK3CA突变率位列前三。患者接受基于化疗联合曲妥珠单抗，或联合曲妥珠单抗加帕妥珠单抗或拉帕替尼的新辅治疗，其中15例患者接受了抗HER2单药，18例患者接受了抗HER2双药治疗，HR阳性患者还联合了内分泌治疗（19/33）；
- 整体人群的完全病理缓解率（pathologic Complete Response, pCR）为45.5%。其中，ROS1基因拷贝数扩增（Copy-number amplifications, CNAs ）仅出现在pCR的患者（p=0.033），相反，PIK3CA基因突变和CCND1、FGF19、FGF3、FGF4、SPOP、HNF1B、BRIP1基因CNAs在non-pCR患者更多（p values between 0.05-0.1）；
- 既往的研究显示HER2阳性患者的pCR率与HR状态相关，但在此队列中，HR状态与治疗方案的差异（联合单药或双药抗HER2治疗）并未显著影响HER2阳性患者的新辅治疗疗效（pCR）。
研究亮点
HER2阳性早期乳腺癌患者新辅治疗疗效与基线肿瘤组织基因突变谱相关，pCR与non-pCR患者基因变异谱差异性显著，有待进一步扩大样本量的研究结果数据证实该研究的临床意义。
5. POSTER（Abstract #1572）
中国人群肺淋巴上皮瘤样癌（PLECL）分子变异谱
Genomic profiling of pulmonary lymphoepithelioma-like carcinoma (PLELC)
合作单位
广州医科大学附属第一医院
研究内容
回顾性分析27例广东省肺淋巴上皮瘤样癌（pulmonary lymphoepithelioma-like carcinoma, PLELC）患者的基因变异情况，包括13例男性和14例女性，分期包括Ⅰb到Ⅳ期。收集患者石蜡切片组织样本及血液样本，利用燃石520基因Panel进行基于捕获的靶向测序（Oncoscreen PlusTM , 1.64Mb）。
研究结果
- 在27例患者中，检测到来自109个基因的184个体系基因变异，包括107个单核苷酸变异（Single nucleotide variations, SNVs），12个插入或缺失变异(Indels)， 65个基因拷贝数扩增（Copy-number amplifications, CNAs)。约50%的患者携带CNAs；
- 除外一例携带HER2扩增，一例携带KRAS突变，其余样本均未检出的非小细胞肺癌（Non-small cell lung cancer NSCLC）的经典驱动基因变异。PLECL中突变频率最高的基因依次为CCND1, TP53, DAXX以及NFkBIA, 突变频率分别为30%, 26%, 22%和22%；
- 78%的患者（21/27），携带表观遗传调节因子相关基因的变异。184个体系变异中，有51个变异来自于表观遗传调节相关基因；
- 信号通路富集分析也发现，PLECL的基因变异集中富集于调控基因染色体重塑的信号通路；
- 我们还进一步比较了PLECL与肺腺癌以及EBV阳性鼻咽癌患者的基因变异谱的差异性。与PLECL比较，TP53基因变异在肺腺癌显著更高(68% vs 26%, p=0.021)。与鼻咽癌患者比较，PLECL携带更多表观遗传调节相关基因变异；
- 同时，通过520基因Panel的平行检测预测肿瘤突变负荷（Tumor mutation burden TMB），我们还发现，与肺腺癌比较，PLECL的TMB显著更低，中位TMB为1.6个突变/Mb (p<0.01)。同时该队列组织样本PD-L1检测显示阳性率为67%。PD-L1的表达与基因变异相关性分析发现，TP53突变的患者PD-L1表达更低(p<0.01)。
研究亮点
研究展示了中国PLECL患者基因变异谱：与NSCLC基因突变谱比较，PLECL具有特异性，缺乏经典的NSCLC常见驱动基因变异，而变异更多集中于表观遗传调节信号通路相关基因；缺乏经典驱动与PD-L1高表达的特征，提示免疫治疗可能成为PLECL的潜力治疗方案。
6. POSTER（Abstract #1575）
通过全面基因组测序（CGP）表征中国肺大细胞神经内分泌癌（LCNEC）和小细胞肺癌（SCLC）的基因组改变
Characterization of genomic alterations in Chinese LCNEC and SCLC via comprehensive genomic profiling
合作单位
中南大学湘雅医学院附属肿瘤医院
研究内容
该研究采用燃石520基因Panel（Oncoscreen PlusTM，1.64Mb）对LCNEC（n=31）与SCLC（n=35）及低-中级别肺神经内分泌肿瘤（类癌，n=14；不典型类癌，n=22）的FFPE组织样本进行了全面基因组测序分析及比对。
研究结果
- LCNEC及SCLC中TP53突变频率均显著高于类癌；SCLC相比LCNEC和类癌具有更高的RB1及PIK3CA突变频率。此外，SCLC中LRP1B、FAT1、PRKDC、NOTCH1、SPTA1、EPHA3和KEAP1基因突变频率显著高于类癌。83%的SCLC携带TP53/RB1共突变（29/35），而仅有32.3％（10/31）的LCNEC携带TP53/RB1共突变；
- 基于KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）数据库的信号通路分析显示，LCNEC中HIF-1和Notch信号通路相关突变频率显著低于SCLC。拷贝数变异（CNV）分析显示，LCNEC和SCLC具有相当的CNV，其发生频率均显著高于类癌及非典型类癌；
- TMB分析显示，LCNEC（12.7 / Mb）和SCLC（11.9 / Mb）的TMB水平相当，均显著高于类癌（2.4 / Mb）和非典型类癌（5.6 / Mb）。
研究亮点
该研究证实了四种类型肺神经内分泌肿瘤的基因组特征存在较大差异：与SCLC相比，LCNEC在RB1、PIK3CA基因以及HIF-1、Notch信号通路中具有更低的突变频率；此外，LCNEC和SCLC具有相当的CNV和TMB水平，显著高于类癌和非典型类癌。
7. POSTER（Abstract #9563）
中国人群黑色素瘤分子变异谱
Mutation landscape of Chinese melanoma patients
合作单位
中山大学肿瘤医院
研究内容
使用燃石Oncoscreen Panel进行基于捕获的靶向测序，回顾性分析81例转移性恶性黑色素瘤的基因突变谱，同时探索肿瘤突变负荷（TMB）与免疫治疗（IO）（接受IO一线治疗者n = 25）临床结局之间的关系。
研究结果
本队列分别包括了15、24和42例肢端、粘膜和皮肤恶黑：
- 共计鉴别出248个基因的1,114个突变，其中最常见者为BRAF、MYC和NBN（分别出现在40%, 27% 和21%的患者中）；
- 不同亚型恶黑间突变谱特征显著不同，例如BRAF (57%) 和LRP1B (26%)是皮肤恶黑中最常见的突变，但MYC扩增是肢端和粘膜恶黑中最常见的突变。其他粘膜恶黑中常见的突变还有：NBN(38%)、RUNX1T1(29%)和TP53 (29%)，而肢端恶黑中常见的其他突变还有CCND1、FGF3/19、NF1和NBN，但肢端恶黑中未见TP53突变；
- 相比于皮肤恶黑，肢端和粘膜恶黑具有更多的拷贝数变异（CNVs）；
- 在25例接受IO治疗的患者中，TMB与PFS显著相关 (p = 0.007)，并且这种相关性在每种恶黑亚型中都存在。进一步推演出，可以明确区分临床疗效的TMB界值为15，TMB超过15 mut/Mb 者PFS显著更长于TMB小于15mut/Mb者(P = 0.02)。另外，皮肤恶黑相比肢端和粘膜恶黑的PFS更长(p = 0.018)；
- 本队列未观察到PDL1表达与PFS相关。
研究亮点
本研究作为一个单中心报道，小而精地展示了各组织病理亚型恶性黑色素瘤中国患者基因变异谱的不同特征，尤其是包括了接受免疫检查点抑制剂治疗的部分患者结果，揭示了疗效终点指标（PFS）与NGS靶向测序定义的肿瘤突变负荷（TMB）之间的关系；揭示中国常见且特色的肢端及粘膜恶黑患者接受IO治疗的疗效结局与TMB相关，但与PD-L1高表达不相关的特征。所定义的TMB疗效界值有望进一步在更大队列人群中继续验证，可能成为潜在地指导恶黑IO治疗决策指标之一。